Penamaan/Nomenklatur Desa Ambokulon berdasarkan adat istiadat secara turun temurun sejak zaman kerajaan mataram memiliki arti Ambo = Ombo Luas, Kulon = Barat, jadi artinya Bagian Barat Lebih luas dan dari zaman penjajahan Belanda sampai sekarang nama Ambokulon tetap dilestarikan. Namun secara formal nama Ambokulon belum diketahui dibakukan dalam bentuk peraturan perundang-undangan misalnya peraturan daerah, walaupun demikian nama Desa Ambokulon telah diakui secara administratif sebagai salah satu nama desa dari 211 desa yang ada di Kabupaten Pemalang,

Desa Ambokulon sudah eksis sejak masa penjajahan Belanda. Tepatnya pada tahun 1952 sampai dengan 1975, Desa Ambokulon dipimpin oleh bapak Muchram, seorang tokoh agama (kyai), banyak nasehat, petuah, juga pendidikan tentang agama terhadap masyarakat. sehingga kehidupan masyarakat dalam sendi agama Islam berjalan baik. Namun pada tahun 1975, masa bakti kepala desa berakhir dan dilaksanakan pemilihan kepala desa, diikuti dua kandidat. Carub dari Perangkat Desa dan Suparto dari PNS guru, terpilihlah Suparto sebagai Kepala Desa dan menjabat dari tahun 1975 sampai dengan 1998 (selama 23 tahun). Kemudian pada tahun 1999 sampai dengan sekarang dijabat oleh Widi Karsina.

Pada tahun 1967 sampai dengan 1972 terjadi paceklik, pertanian lu,puh total, para petani penggarap sawah tidak lagi menanam padi karena jebolnya bendungan Kali Wadas, petani menanam palawija, jagung, singkong, kedelai dan labu, sehingga masyarakat sangat minus (kurang pangan), sehingga pada tahun 1973 ada perubahan, setelah bendungan kaliwadas berhasil dibangun kembali dan petani mulai menanam padi karena sebagian besar masyarakat Desa Ambokulon hanya mengandalkan dari hasil pertanian, orang yang mampu bisa dihitung dengan jari, antara lain PNS dan TNI dan POLRI.

Perlu diketahui bahwa Desa Ambokulon adalah Desa IDT, sebagai desa tertinggal tentu saja banyak membutuhkan penyesuaian agar setara dengan desa yang sudah maju, sehingga pada tahun 1977 dibangunlah Gedung Sekolah Dasar dan Gedung Kantor Balai Desa, perlu diketahui bahwa selama kurun waktu 1943 sampai dengan 1975 Desa Ambokulon tidak memiliki gedung balai desa yang permanen, sehingga untuk pelayanan masyarakat dilaksanakan di rumah kepala desa yang saat itu menjabat. Hal itu disebabkan karena Desa Ambokulon tidak memliki lahan untuk pembangunan gedung tersebut.

Pada tahun 1977, hasil rapat LKMD waktu itu disepakati tukar guling tanah bengkok kepala desa dengan tanah darat milik warga, sehingga terwujudlah pembangunan Gedung Balai Desa dan Gedung SD Inpres. Desa Ambokulon telah ditetapkan secara yuridis dengan Peraturan Daerah Kabupaten Pemalang Nomor 5 Tahun 2015 Tentang Penetapan Desa sebagai wilayah administrasi pemerintahan desa di kecamatan Comal.